home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00283 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.8 KB  |  38 lines
  1. ****************************************************
  2. * Bacterial ice-nucleation proteins octamer repeat *
  3. ****************************************************
  4.  
  5. Some gram-negative bacteria  express proteins that  enable them to promote the
  6. nucleation of ice at relatively high temperature (above -5 degree Celsius) [1,
  7. 2,3]. These proteins are localized at the surface of the outer membrane of the
  8. bacteria and  can  cause  frost  injury  to  many  plant  species. The primary
  9. structure of  these   ice-nucleation proteins is highly repetitive.  A central
  10. repetitive domain  represents about 80% of the total sequence.  This domain is
  11. mainly formed  by the repetition of a conserved region of forty eight residues
  12. (48-mer).  The 48-mers are themselves composed of three blocks  of 16 residues
  13. (16-mer). The  first eight residues of each of these 16-mers are identical. It
  14. has been proposed that the repetitive domain  may be  directly responsible for
  15. aligning water molecules in the seed crystal.
  16.  
  17. Schematic structure of a 48-mer region:
  18.  
  19.               [.........48.residues.repeated.domain..........]
  20.              /              / |              | \              \
  21.             AGYGSTxTagxxssli  AGYGSTxTagxxsxlt  AGYGSTxTaqxxsxlt
  22.             [16.residues...]  [16.residues...]  [16.residues...]
  23.  
  24. -Consensus pattern: A-G-Y-G-S-T-x-T
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.    This
  26.  octamer sequence  is found more  than forty  times  in each of the known ice-
  27.  nucleation proteins.
  28. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: Paramecium primaurelia 168G surface
  29.  protein (contains only one copy of the repeat).
  30. -Last update: June 1994 / Text revised.
  31.  
  32. [ 1] Wolber P.K., Warren G.
  33.      Trends Biochem. Sci. 14:179-182(1989).
  34. [ 2] Wolber P.K.
  35.      Adv. Microb. Physiol. 34:205-237(1992).
  36. [ 3] Gurian-Sherman D., Lindow S.E.
  37.      FASEB J. 7:1338-1343(1993).
  38.